Située à l’extérieur de l’enceinte de la ville, une importante nécropole mérovingienne fut construite le long de la rue Saint-Denis. Louis VI  le Gros  installe les marchés aux Champeaux en 1135, à proximité du cimetière… qui croît après cette implantation ; il fut agrandi puis clos et englobé dans l’enceinte de Philippe Auguste. Le cimetière des Innocents donna son nom au quartier.

Les riches bourgeois reposaient dans un cercueil de bois, tandis que les pauvres étaient inhumés dans de vastes fosses communes (le cercueil ne sera obligatoire qu’au XIX^ème siècle) ; l’air était pestilentiel, les tombes servaient de garde manger aux cochons de Saint Antoine…. Le développement  démographique était tel qu’il fallut trouver un moyen de vider les fosses : c’est l’origine des charniers (ou pourrissoirs). Les ossements retirés finissaient dans les charniers construits aux XIV-XV^ème siècles autour du cimetière.

Les charniers proprement dits se trouvaient au dessus des arcades, cette disposition permettant à l’air de circuler entre la toiture et les voûtes de façon à ce que les ossements exhumés fussent plus rapidement desséchés et réduits en poudre.

Le 7 mai 1780, les murs de la cave d’une maison de la rue de la Lingerie s’effondrèrent sous la pression des corps.  Le cimetière fut fermé, l’église rasée (1785). Le 9 novembre 1785, Guillaumot  (Inspection des Carrières) propose de transférer les restes secs d’anciennes carrières transformées en catacombes, à la Tombe-Issoire. Ce transfert durera quinze mois, en processions quotidiennes de tombereaux accompagnées de prêtres. On estime que deux millions de Parisiens y avaient été inhumés.

Aujourd’hui, seule la fontaine conserve le souvenir du lieu. Réalisée en 1548, elle est l’œuvre de Pierre Lescot (sculptures de Jean Goujon – lien le Louvre) ; elle était initialement adossée à l’église, au croisement des rues Saint-Denis et  Berger, au coin du cimetière. L’église est démolie en 1785 et la fontaine se retrouve isolée dans un coin de l’espace dégagé, destiné à devenir un marché. Un marché aux herbes s’installa sur le site en 1788. Le site nettoyé,  on construisit (1813) autour de ce marché des galeries en bois où les marchands étaient abrités.

La construction des Halles par Baltard (1852) condamne le marché, qui sera remplacé par un square ; la fontaine est déplacée à son emplacement actuel en 1856.