Au XVI^ème siècle, d’anciens îlots (île aux Vaches, île de Gourdaine et île aux Juifs) sont rattachés à l’île de la Cité. Sur ce nouvel espace, Henri IV fait aménager une place résidentielle, à la pointe de l’île : la place Dauphine. Il concède les terrains, à charge d’y bâtir trente deux maisons identiques en chaînage de pierre blanche, briques et combles en ardoise, de deux étages, avec des boutiques en rez-de-chaussée à arcades, autour d’une place triangulaire fermée.

Elle doit son nom au dauphin, futur Louis XIII ; à l’époque, le nom associé à la voie prend le genre de cette dernière (autre exemple : la rue Mazarine).

La rue Dauphine est percée pour établir une liaison directe avec le bourg Saint-Germain, entraînant les rues Christine et de Nesle. Marie de Médicis fait élever la statue équestre d’Henri IV à la pointe de l’île.

Seuls les deux pavillons d’angle sur le Pont Neuf sont conservés ; les autres bâtiments furent modifiés, démolis, reconstruits, ou rehaussés, à partir du XVIII^ème siècle.  Viollet-le-Duc fit démolir le côté est de la place pour mettre en valeur l’ordonnance néo-grecque de la façade de Harlay du Palais.